หลักฐานแสดงให้เห็นว่าการตอบสนองของภูมิคุ้มกันโดยธรรมชาติต่อ SARS-CoV-2 นั้นลดลงในทางเดินหายใจส่วนบน ซึ่งอาจเกิดจากความรุนแรงของโรค การจัดลำดับ RNA แบบเซลล์เดียวของเซลล์ที่ได้จากการแปรงจมูกของผู้ป่วยโควิด-19 แสดงให้เห็นการถอดเสียงแบบที่ 1 หรือแบบที่ 3 ที่ตรวจไม่พบ ในขณะที่ยีนต้านไวรัสMX1และIFITM3ถูกแสดงออกมา นอกจากนี้ มีการประเมินการหลั่งไซโตไคน์หลายตัวหลังจากการติดเชื้อ SARS-CoV-2 ของเซลล์เยื่อบุผิวจมูก ยกเว้น CXCL10 การหลั่งไซโตไคน์ถูกทำให้ชื้น 

 

การตอบสนองภูมิคุ้มกันโดยธรรมชาติดังกล่าวลดลงอย่างมากจากที่พบในการติดเชื้อไข้หวัดใหญ่ A [ 28]. สาเหตุที่อยู่เบื้องหลังการตอบสนองของ interferon ที่ลดลงต่อการติดเชื้อ SARS-CoV-2 นั้นยังไม่เป็นที่แน่ชัด มีการตั้งสมมติฐานว่าไมโครไบโอมเจ้าบ้านและการสัมผัสเชื้อโรคในอดีตอาจนำไปสู่การตอบสนองทางภูมิคุ้มกันโดยธรรมชาติที่ลดลงดังกล่าว ช่องจมูกเป็นจุดเริ่มต้นของไวรัส สารก่อภูมิแพ้ และแอนติเจนต่างๆ ที่สูดดมเข้าไป พร้อมกับสนับสนุนไมโครไบโอมที่กว้างขวาง การได้รับ PAMPs ของจุลินทรีย์อย่างเรื้อรังอาจทำให้การตอบสนองของภูมิคุ้มกันลดลง สุดท้าย อุณหภูมิที่ต่ำกว่าภายในไซโนนาซอลและพื้นผิวเยื่อบุผิวอาจส่งผลต่อการตอบสนองของภูมิคุ้มกันที่ลดลง เช่น V"kovski et al แสดงให้เห็น ว่าSARS-CoV-2 เติบโตในระดับที่สูงขึ้นที่ 33°C มากกว่า 37°C ในเซลล์เยื่อบุผิวทางเดินหายใจ ซึ่งมีความสัมพันธ์กับการตอบสนองของอินเตอร์เฟอรอนที่ลดลง

 

การตอบสนองภูมิคุ้มกันแบบปรับตัว ผู้ป่วย COVID-19 ระยะพักฟื้นจะแสดงแอนติบอดีจำเพาะ SARS-CoV-2 ร่วมกับการตอบสนองของ T-cell CD4+ และ CD8+ กิ่งก้านสาขาการปรับตัวทางร่างกายและเซลล์เหล่านี้มีบทบาทในการป้องกันในการควบคุมการติดเชื้อไวรัส การมีส่วนร่วมของแต่ละสาขาในภูมิคุ้มกันป้องกันขึ้นอยู่กับชนิดของไวรัส การติดเชื้อไวรัสบางชนิดแสดงให้เห็นถึงอำนาจเหนือสาขาใดสาขาหนึ่ง ในขณะที่ส่วนอื่นๆ ทำให้เกิดการทำงานร่วมกันในระดับหนึ่ง ด้วยเหตุผลเหล่านี้ แต่ละสาขาในแง่ของผลผลิตและการก่อโรคจะถูกกล่าวถึงในบริบทของ SARS-CoV-2 ความสัมพันธ์ของทีเซลล์จำเพาะโรคซาร์ส-CoV-2 ที่มีการตอบสนองเชิงป้องกันถูกแสดงให้เห็นเป็นครั้งแรกโดยงานที่ดำเนินการโดย Tan et al [ 30 ] โดยที่ RNA ของไวรัส SARS-CoV-2 ภายในทางเดินหายใจถูกหาปริมาณควบคู่ไปกับ